Επιστρέφοντας από την Ανταρκτική, οι πράκτορες Μόλντερ και Σκάλι αντιμετωπίζουν την αμφισβήτηση της περιπέτειάς τους με τον θανατηφόρο ιό, το εξωγήινο σκάφος και την απόδραση τους. Απομακρύνονται από τα X-Files και αντικαθιστούνται από τους πράκτορες Τζέφρι Σπέντερ και Νταϊάνα Φάουλι.
Αν και είναι αναγκασμένοι να δουλεύουν μακριά ο ένας από τον άλλο, ο Μόλντερ και η Σκάλι συνεχίζουν κρυφά να ερευνούν πληροφορίες που έρχονται στο γραφείο των X-Files και φτάνουν στα χέρια τους παράτυπα. Όταν, όμως, η Κασάνδρα Σπέντερ επιστρέφει λέγοντας ότι οι εξωγήινοι είναι έτοιμοι να αποικίσουν τη Γη, οι πράκτορες επαναφέρονται στα X-Files. Τότε, ένα εξωγήινο αντικείμενο βρίσκεται στις ακτές της Αφρικής, το οποίο ίσως κρύβει το μυστικό της προέλευσης της ζωής στη Γη...

Ο έκτος κύκλος επεισοδίων της πετυχημένης σειράς, τοποθετείται χρονικά μετά την κινηματογραφική ταινία "The X-Files: Πολεμώντας το Αύριο" (The X-Files: Fight the Future), η οποία σημείωσε τεράστια επιτυχία σε όλο τον κόσμο.

• Τζιλιαν ΑντερσονGillian Anderson
• Ντεηβιντ ΝτουκοβνιDavid Duchovny